Необходимость создания Генерального штаба была очевидна в России еще до 1905 года, но его реализация встречала сопротивление. В России доминировала администрация, а не политика, и власть, как правило, доставалась бюрократам, способным управлять системой, а не визионерам, желавшим ее заменить. Существовала академия Генерального штаба, но она выпускала слишком мало офицеров, и, учитывая общую неадекватность офицерского корпуса, эти немногие офицеры в любом случае были нужны для командования войсками, а не для выполнения штабной работы. Даже во время войны 1914–1917 годов начальники штабов были просто заместителями командующих, а иногда и эффективными командирами, а не экспертами по штабной работе. Должности генерал-инспекторов, отвечавших за отдельные рода войск – пехоту, кавалерию, инженерные войска или артиллерию, – обычно занимали великие князья, и их возмущала любая попытка со стороны офицеров Генерального штаба диктовать им. В то же время командиры полков и начальники дюжины военных округов, на которые была разделена страна, считали Генеральный штаб чем-то далеким и напрасно вмешивающимся в их дела. Соответственно до 1905 года Генеральный штаб играл весьма ограниченную роль. Армию возглавлял военный министр, а штаб (Главный штаб, как он тогда назывался) являлся лишь одним из департаментов наряду с другими. Он должен был стать ядром полевого штаба военного времени и состоял из ряда отделов. Один из них, эквивалентный по масштабу топографическому отделу, назывался Генеральным штабом, но был небольшим, и его функции были весьма неопределенными.

Теоретики считали, что поражение России в войне с Японией было вызвано отсутствием полноценного Генерального штаба – инструмента, способного управлять административным аппаратом армии. В 1905–1906 годах ряд докладов влиятельных генералов убедил царя в необходимости перемен, а с возникновением Думы создание функционирующего Генерального штаба приобрело еще большую важность. Теперь военный министр был подотчетен Думе. Если бы власть передали новому начальнику Генерального штаба, подчиняющемуся непосредственно царю, то сфера вмешательства Думы ограничилась бы делами Военного министерства и административной рутиной. Генеральный штаб стал независимым от Военного министерства, и его начальник мог бы обращаться непосредственно к государю. Его распоряжения должны были охватывать артиллерию, военную подготовку, крепостные сооружения, железные дороги, планирование войны, инженерные войска. Военному министерству оставалась текущая работа по исполнению этих распоряжений, а старый Главный штаб теперь ограничивался повышениями по службе, военными тюрьмами, статистикой и делами Туркестана. Великокняжеские должности генерал-инспекторов также продолжали существовать, но между ними и Генеральным штабом постоянно возникали конфликты. Положение 1907 года не прояснило эту ситуацию, но, по мнению Генерального штаба, генерал-инспекторы должны были лишь поддерживать кадры в хорошем состоянии и не более того. Новым начальником Генерального штаба назначили Ф.Ф. Палицына, много лет изучавшего германские военные учреждения. Венцом новой системы стал Совет государственной обороны, в состав которого входили премьер-министр, военный министр, начальник Генерального штаба, их военно-морские аналоги и генерал-инспекторы. Обычно этот орган возглавлял великий князь Николай, генерал-инспектор кавалерии, и в его компетенцию входила вся сфера обороны.